1980年代後半に国内の主要病院に全身CTや全身用MRIがほぼ普及し終わったことを受けて、奈良医大の打田日出夫を中心に、腹部領域を専門とした放射線診断学の学会の必要が提唱されるようになった。1990年10月に、第1回日本腹部放射線研究会が肝・胆・膵系を対象として、打田先生を大会長とし、第26回日本医学放射線学会秋季臨床大会にジョイントして秋田で開催された。 1991年4月放射線学会評議員会に於いて 「泌尿生殖器系研究会」設立の提案があり、肝・胆・膵系中心で開催された本会と合体して「腹部放射線研究会」として発足することになった。その後、1994年まで肝胆膵系と泌尿生殖器系をそれぞれ1回づつ、計年2回開催し、1995年より年１回開催となった。

　対象は病態や病理診断 が明らかにされた 興味深い教訓的な症例とし、各臓器と疾患に於けるパイオニアの病理医 が全国からコメテータとして参加 して適切な 解説とコメントを述べて頂くこととし、画像病理対比の症例報告を基盤とする会とすることとした。

　発表の記録として、「腹部放射線診断アトラス」[Ⅰ]が1993年 4月に発刊され2009年に[XIV] が刊行。以後は「デジタルアトラス」閲覧と 「臨床放射線」掲載に移行された。

　2001年に打田の退官に伴い、板井悠二が理事長に就任されたが、事務局は引き続き奈良医大に置かれた。この年、優れた症例報告を表彰する打田賞が創設された。板井は2年後に急逝され、画像病理対比にかけるご遺志を思い、ご遺族より寄付がなされ、それを元に板井賞が創設された。

　2003年から松井修が理事長に就任し、事務局は奈良医大におかれたままであったが、2007年に大分大学に移転した。同年の2007年、松井修を創設者としてアジア腹部放射線学会が設立され、第1回が宮崎で開催された。2010年に“腹部放射線研究会”から“日本腹部放射線研究会”へ改名。2011年に任意団体から一般社団法人に移行した。

　2012年に森 宣が理事長に就任した。2013年に“一般社団法人腹部放射線研究会”は学会に昇格し、“一般社団法人日本腹部放射線学会”となった。2015年にアジア腹部放射線学会が竹原康雄を大会長として浜松で開催された。2017年にAbdominal Radiologyへ打田賞の優秀症例を投稿できる仕組みが導入された。森は2015年～2017年にASARの理事長を務めた。

　2018年に南 学が理事長に就任し、事務局は引き続き大分大に置かれた。2019年からは “大会長公募症例”という枠組みが導入された。南は2021年～2022年にアジア腹部放射線学会の理事長を務めた。

　2020年に陣崎雅弘が理事長に就任し、事務局は慶應義塾大学に置かれた。2023年にPreliminary Researchの枠組みが導入された。2024 年には「国際交流」、「将来構想」、「学術検討」、「顕彰」の４つの委員会が設立された。2025年にアジア腹部放射線学会が村上卓道を大会長として淡路島で開催された。